2017年十大科學突破中,“精準定位的基因編輯”榜上有名,研究人員修改了基因編輯工具,做到“精確到點”的修改,這使得基因“剪刀”在未來可能撬動更大的市場。
軟軟的、十幾納米大小,核酸酶的“微觀照”更像一大團“棉花糖”。百科上這樣介紹它:它的發現和采用,使基因的“編輯”,包括插入、刪失、融合等操作成為可能。它內部是“分區”的,有的區管“定位”、有的區管“切割”……
正是這把“棉花糖”樣的“剪刀”就要“利刃出鞘”——美國某著名咨詢公司近日發布報告稱,全球基因組編輯(包括CRISPR、TALEN和ZFN)的市場規模將從2017年的31.9億美元增長到2022年的62.8億美元,復合年均增長率為14.5%。
產業市場的“全面開花”還只是一部分,“點”的突破仍在基因編輯行業不斷產生。美國《科學》雜志近日公布的2017年十大科學突破中,“精準定位的基因編輯”榜上有名,研究人員修改了基因編輯工具,做到“精確到點”的修改,這使得基因“剪刀”在未來可能撬動更大的市場。
三種手段,各有千秋
“蘑菇有個釋放孢子的‘習慣’,之后摘下來的蘑菇就要變黑,拿到市場上也不好賣。”清華大學合成與系統生物學研究中心研究員謝震深入淺出,怎么讓它不黑,通過敲除誘發這個“習慣”的基因,“生物活動被阻斷了,就不會變黑了,進而延長貨架期。”
對自然界一些“拙作”進行“美化”,是人們希望通過基因編輯做到的。
現有的3種基因編輯技術ZFN、TALEN、CRISPR,又是怎么做到編輯基因,改變生物活動的呢?“ZFN、TALEN技術可以視為一類,它們是通過外源的蛋白質,進入細胞后找到DNA序列的。”謝震說,“CRISPR技術的‘核心功能組件’則不同,有一部分是RNA序列,另一部分是蛋白質。”
要完成編輯工作,它們的架構和功能都很相似,3種技術中依賴的“核心組件”,都必須擁有“定位”功能和“剪切”功能:ZFN技術中的蛋白叫鋅指核酸酶,由于三維結構像人的手指,中間有鋅離子而得名;TALEN技術中的蛋白叫轉錄激活樣效應因子核酸酶。
兩個核酸酶都有分區,即可特異性識別序列的DNA結合域和進行非特異性切割的DNA切割域。
在CRISPR技術中,識別特異性DNA序列的工作由“向導RNA”配合完成,而不是由蛋白質單獨完成,切割DNA的工作仍由蛋白質完成。
“酶的不同,使得技術的復雜程度和應用范圍也不相同,”謝震說,例如“一拖多”的基因編輯工作,即能夠一次同時編輯多個基因的任務,CRISPR最容易做到,TALEN困難一些,ZFN卻很困難。
構造3種編輯工具的工作非常繁瑣,盡管CRISPR相對簡單,但是很多研究團隊還是希望這種工具“拿來就用”。
為此,專門有研究團隊將酶的部件轉變成“模塊”,按需“組裝”就能獲得識別特定DNA序列的編輯工具。例如,通過研究者長期的努力,識別每一種三聯堿基的64種鋅指組合中已有大部分被發現并編撰成目錄,這些相關數據也都能夠在公共的數據庫或者文獻中被檢索到。
也就是說,針對要編輯的不同基因,這3種方法都必須進行“定制”才能“服務”,而隨著基因編輯技術的研究不斷深入,公共技術平臺將積累起越來越多的共性研究,“定制化”將變得越來越簡單。應用門檻的降低,勢必會帶來市場規模的進一步擴大。
輕松導航,占據市場最大份額
盡管“定制服務”簡易化是趨勢,但是定制CRISPR的簡便是與生俱來的,因為它由RNA做“向導”,與DNA的“親近”程度比蛋白質更近一步。
一篇《基因編輯,別忘了還有ZFN和TALEN》的文章去年7月發表在生物技術專業網站生物通上,一個“還”字,讓CRISPR這種基因編輯技術的火爆不言自明。CRISPR設計操作簡便的優勢,讓其出現最晚,卻應用最廣。
“向導RNA的合成非常容易,只要確定序列,按照序列互補性原則合成就可以。”謝震說,“但是蛋白質與DNA的作用,不存在‘互補’這樣明確的關系,要合成用于向導的蛋白質區域,需要一整套流程,包括預測、驗證等。”
謝震解釋,這方面TALEN相對容易一些,根據已有的TALEN蛋白結合DNA的特性,可以幫助設計出與特定DNA序列結合的蛋白,ZFN是“定制服務”中最復雜的。
正因為CRISPR靈活的“轉場”能力,它在各個領域的基因編輯中獲得了廣泛應用。分析報告中指出,CRISPR有望占據全球市場的最大份額。
這也致使ZFN技術的擁有者Sangamo生物技術公司老總“酸葡萄”般地表示,CRISPR盡管效率高,但在“精確度”上不及ZFN,不能用于醫學領域。2017年,該公司組織實施了第一例人體基因改造治療的臨床試驗,向血液內注入基因編輯工具ZFN,以期治療亨特氏綜合征。
事實上,CRISPR技術也已開始在醫學診斷和治療方面開展臨床試驗。2016年,我國四川大學華西醫院就用CRISPR技術刪除了肺癌患者免疫細胞中的PD-1蛋白基因,再將基因編輯后的免疫細胞重新注入患者血液中,期望治療癌癥。
“可以通過對蛋白質性質的微調,提高核酸酶的識別能力。”謝震表示,很多提高CRISPR精確度的研究工作正在進行,2016年,謝震團隊就在《自然》子刊上發表論文稱,他們通過在哺乳動物細胞中合理拆分Cas9蛋白,利用多輸入合成基因線路感知不同分子信號,實現了在不同類型細胞中對Cas9/dCas9活性的精確調控,為精確控制CRISPR/Cas9基因編輯工具提供了新的策略。
技術進步,精確度再刷新
“之前是剪刀將雙鏈剪斷后,仰仗細胞的自我修復能力以及修補的DNA模板修補基因。現在不剪斷,直接讓堿基變身。”《科學》雜志2017十大突破中的堿基編輯器,是哈佛大學團隊對CRISPR技術的改進,通過核心組件——“酶”的變化實現了編輯功能上的進步。謝震解釋稱:“原來的Cas9酶的活性喪失了,結合上沒有‘剪刀’能力,但與其他蛋白融合能變成使單個堿基突變的酶。”
“最開始他們在自然界找到了這種能定向突變C-T堿基的酶,后來他們自己造了另一種能夠定向突變A-G堿基的酶。”謝震說,“目前要解決的是準確性問題,如果在特定區域存在多個重復的堿基,要突變哪一個是需要確定的事。例如把目標位點5個堿基以內的A全部突變掉,需要精確到單個堿基。”
據報道,基因組編輯技術主要應用在細胞系改造、遺傳工程、診斷和治療等方面。目前細胞系改造占最大份額,基因編輯干細胞療法的研究認知度高。“基因編輯更像一種底層技術,是實現功能或者產品的渠道和方法,期待它的產品能夠早日落地。”謝震說。