那么要不要取代李宗仁成為新桂系的最高領導人呢?白崇禧沒有這么做,因為他心里明白,自己不擅長于政治,與其爭著成為政治領袖,不如借著李的威望專心發展軍隊,由此開始了李、白合作的蜜月期。需要指出的是,上世紀三十年代中國軍人對戰爭的理解,大部分仍停留在一戰時期的陣地戰模式中,這使國軍在抗戰之初,不能適應新的戰爭模式,導致大量傷亡。白崇禧對于桂軍的訓練同樣如此,導致桂軍在投入到上海戰場時接連發起無謂的密集沖鋒,遭日軍重創。桂軍在淞滬會戰中不僅損失了大量優秀軍官(旅長三名,團長四名),也使其精銳盡喪,很長一段都沒恢復元氣。好在白崇禧經過這次教訓改變了戰爭觀,根據國軍的實際情況提出了新的游擊戰術,并主張“積小勝為大勝”,在很大程度上改變了之后的作戰模式。
抗戰的爆發,使新桂系重新歸屬到蔣介石麾下,白崇禧也被調到中央效力,先后出任大本營副參謀總長和軍訓部部長等要職。八年抗戰,白指揮過兩次較大的作戰,一次是代理第五戰區司令長官,調動大別山地區的桂軍積極出擊,策應武漢守軍。另一次是指揮桂南會戰,昆侖關的大捷,白也起到不小的作用。但是這兩次會戰,都以失敗告終,尤其是桂南會戰的失利,白負有不可推卸的責任。戰后,他受到了降級處分。有人說臺兒莊大捷白崇禧也有出力,這或許確有其事,但需要指出的是,臺兒莊戰役只是徐州會戰的一個組成部分,而徐州會戰的結果,同樣是失敗了。
桂軍參加抗戰之后,白崇禧主張對怯戰分子予以嚴懲,尤其是對一批作戰不力或臨陣脫逃的軍、師、旅、團長或撤職或槍決,這在很大程度上為桂軍的積極抗戰樹立了正面形象。然而到了抗戰后期,白崇禧也顯露出他私心的一面。比如在1944年的桂柳會戰中,他將本應承擔防守桂林的幾個與他有親信關系的師、團長調走,并抽出了精銳部隊以保存元氣,反調一個新兵師來承擔守城任務,這在很大程度上打擊了士氣。抗戰勝利之際,白崇禧甚至還違背蔣介石不讓桂軍進入南京受降的命令,暗中指示所屬第七軍一個師進城受降,給了蔣記中央一個難堪。
內戰中的桂軍,雖散布在華東、華中兩個戰場上,但鮮見硬仗,基本在打醬油。白崇禧有自己的算盤,他依然想保存實力。唯一的萊蕪戰役,還是因為部隊主官的異動,而未戰即敗。桂軍在基本沒有受到較大損失的情況下,度過了三年,而白也在1948年由國防部長調任華中“剿匪”總司令。
現在有不少人說白崇禧在擔任國防部長前夕曾前往東北指揮作戰,并在四平大敗林彪,白先勇《戰后國共東北之爭》一文中也指稱由于蔣沒有采信白崇禧乘勝追擊的建議,片面下停戰令,給了林彪喘息之機,方導致日后東北慘敗。筆者認為,此二說有待商榷。
我們知道,白崇禧前往東北之前的實際指揮者是東北保安司令長官杜聿明,前線指揮由副司令長官鄭洞國負責。根據史料記載,白崇禧是在5月17日奉命前往督戰的。這里的“督戰”是什么意思呢?從字面上理解就是親臨前線監督作戰,那么作為督戰官的白崇禧有權直接干涉指揮嗎?筆者目前還無法給出結論,不過鄭洞國《我的戎馬生涯》一書對白在東北有相當長篇幅的記述(423頁-424頁):